四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
影片聚焦更年轻的神龟，一同见证神龟的成长故事！熟悉的地下英雄，新潮的酷炫画风， “龟”来依旧是少年，属于新生代神龟的全新冒险之旅即将开启。