本片根據約翰修斯的小說改編而成，敘述3個高中新生在入學第一天就飽受校園惡霸欺負，為了不讓將來的日子越來越難過，他們在「軍人榮光」雜誌中刊登廣告，希望顧到一名保鏢。沒想到來應徵的是崔比，他以海灘為家、收費低廉，而他將為3個小老闆帶來前所未有的震撼教育。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。