与现代网络社会共同产生的假想空间「数码世界」，诞生了数位生命体「数码兽」，主机「世界树」管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、「世界树」发动「Ｘ计划」要除去所有的数码兽…现在，数码世界史上最大的危机逼近了！拥有「Ｘ抗体」的多路兽及它的朋友们，应该如何应对呢？
传天明是电脑奇才，他的姑姐传安娜是他的私人秘书。每当”赤神帮“犯罪时传天明便会变成黑侠对付他们。 一次行动中，”赤神帮“在监狱中救了首领赤神，更偷走了”依波拉“病毒。传天明和安娜为了追查此事而认识了少琪，她发现可对抗依波拉病毒的抗体，令赤神要把她捉到手上。原来赤神偷了病毒是有项重大的阴谋，黑侠为了阻止赤神而展开了这场激战……
警官麦克在调查一起凶杀案。此时有一男子因和警方发生冲突而被逮捕。这名男子被指控曾强奸并杀害了12名小男孩，同时他也是这起凶杀案的重要嫌疑人。在寻找证据的过程中，麦克开始被奇怪的梦困扰。而在与疑犯展开交谈的同时，案情也变得愈发地扑朔迷离……